MALDI生物质谱是使一些易吸收激光能量的弱有机酸碱类物质作为基体先吸收激光能量，之后再将能量传递给样品分子，使样品分子获得足够的能量气化，得到完整的分子离子质谱峰。基体的引入克服了由于过量的激光能量直接轰击样品而使得样品裂解的问题，从而可以对大分子物质进行精确的质量分析，目前可测定的最大相对分子质量超过1500000。通常基体分子起着能量传递、样品分子隔离以降低解吸能以及质子化或去质子化剂的作用，而对其系统的研究结果表明，作为基体物质必须具有一定的可溶性、光吸收性以及比较低的反应活性，且一般含有苯环及一个至数个羧基、羟基或伯氨基。常用的基体有α-氰基-4-羟基-肉桂酸、2，5-二羟基苯甲酸和3-羟基吡啶甲酸等。利用MALDI生物质谱，主要开展了以下三方面的工作：(1)中草药MALDI分析。目前中药材的鉴别方法主要为色谱法、紫外及红外光谱法，相对分析时间比较长。MALDI质谱除具分析速度快、灵敏度高的特点外，还具有抗干扰能力强及可以用于复杂体系中混合物同时测定的特点。利用该技术对中药进行分析，通过对不同产地药物提取物进行质谱分析得到对应质谱图，通过指纹峰和专属性较强的峰来判断药物的真伪，从而建立中草药的MALDI指纹谱库，对中草药进行快速鉴别。(2)固定化酶蛋白质肽谱分析。在游离酶肽谱分析中一个比较大的缺点是酶自水解产物会干扰分析结果，同时酶寿命短不能重复利用，而这个问题可以通过固定化酶水解蛋白质来避免。通过共价或金属螯合的方法，在不同的载体如甲基丙烯酸缩水甘油酯复合膜、多孔硅以及石英熔融毛细管上键合蛋白酶制得酶微反应器，并将其用于蛋白质的肽谱分析。其中利用毛细管管壁共价键合胰蛋白酶微反应器，5min内对9fmol的马心细胞色素C成功地进行了肽谱分析，获得了76％的序列覆盖度。(3)小分子分析。通过使用多孔硅材料，能够有效的克服使用有机基体分析样品时所带来的基体信号干扰问题，因而十分适合药物等小分子的分析。同时通过处理多孔硅表面而键合上特定官能团，可以进行物质相互作用研究、蛋白质肽谱分析。在硅表面键合牛血清白蛋白得到亲和质谱靶，然后用质谱检测药物分子与靶体上共价键合的蛋白质的分子识别作用情况，从而为药物的筛选提供了质谱快速检测的途径，同时通过对多孔硅制备工艺的改进和微加工技术的引入，可以进一步实现生物活性分子识别作用的高通量筛选技术。表面活性剂与常规有机基体的混合物和碳纳米管作为MALDI的基体，可以有效抑制基体信号的产生，对一系列小分子化合物成功地进行高通量分析。